Tháng 7/2005, Thủ tướng Thaksin Shinawatra nhận thêm nhiều quyền lực mới để xử lý với cuộc bạo loạn. Tháng 9/2006, Tư lệnh quân đội Sonthi Boonyaratkalin được tăng cường quyền lực thi hành để chống lại các cuộc bạo loạn.[4] Ngày 19/9, Sonthi và quân đội Thái Lan đã lật đổ Thaksin. Bất chấp các thái độ hòa giải từ hội đồng tư vấn, bạo loạn vẫn tiếp tục leo thang.

Ngày 26 tháng 10 năm 2009, hai Phật tử trong một ngôi làng, tuổi 19 và 46, bị giết trong một cuộc bắn lén ở tỉnh Pattani vào buổi trưa. Các hung thủ là bốn người tình nghi phiến quân đi trên hai xe gắn máy. Cũng tại Pattani, một phiến quân 29 tuổi và một cảnh sát biên phòng thiệt mạng trong cuộc chạm súng vào buổi tối, có một cảnh sát viên khác cũng bị thương. Trong một vụ nổ súng khác trong tỉnh, một dân làng gốc Hồi giáo, 23 tuổi, bị kẻ lạ mặt, tình nghi là phiến quân, bắn chết khi đang chạy xe gắn máy.